Фамилия Шимоткина — женская форма, а её мужской вариант — Шимоткин. Эта фамилия редкая, и её происхождение неочевидно на первый взгляд, но словообразовательная модель подсказывает путь.

В основе фамилии лежит прозвище или имя Шимотка. Суффикс -к- в русских прозвищах часто выполнял уменьшительную или уничижительную функцию, но мог и просто обозначать лицо по характерному признаку. Само слово «Шимотка» — скорее всего, производное от глагола «шимотать». Этот глагол в диалектах (особенно северных и сибирских) означает «шататься», «слоняться без дела», «мотаться туда-сюда». Соответственно, Шимоткой могли прозвать непоседливого, суетливого человека, который постоянно в движении, или же, напротив, того, кто «шимотается» по миру — бродягу, странника.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с личным именем. В старых русских говорах бытовало имя Шимон (просторечная форма от Симеон). От него могли образовать уменьшительную форму Шимотка (по аналогии: Симон — Симотка). В таком случае фамилия Шимоткин — это «сын Шимотки», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительным именем Шимон.

Суффикс -ин в фамилии Шимоткин указывает на принадлежность: «чей?» — Шимоткин, то есть из семьи Шимотки. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а/-я.

Географически фамилия Шимоткина встречается крайне редко, в основном в центральной России и Поволжье. В дореволюционных переписях эта фамилия не фиксируется в дворянских родословных, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Скорее всего, предки носителей фамилии были вольными землепашцами или ремесленниками, получившими прозвище за свой характер или род занятий.