Фамилия Шимякова — женская форма, мужской вариант — Шимяков. В основе фамилии лежит нецерковное славянское имя или прозвище Шим, Шима, которое, скорее всего, является сокращением от полных крестильных имён, начинающихся на Ши-: Шимеон (упрощённая форма от Симеон) или Шимон (западнорусская форма от Симон). В старину такие усечения были обычны: Шимой могли звать человека в быту, а полным именем — в церковных записях.

Суффикс -як- в основе Шимяк указывает на принадлежность к чему-либо или характерный признак. Шимяк — это «сын Шимы» или «человек, относящийся к Шиме». Такая модель типична для северных и сибирских говоров, где суффикс -як активно использовался в прозвищах и фамилиях (сравните: Митяк, Ваняк, Петряк). Таким образом, Шимяков буквально значит «потомок Шимяка».

Встречается и другая, менее вероятная версия — от слова «шима» в значении «суматоха, беспорядок» или диалектного «шим» — «шум, гам». В этом случае прозвище Шимяк могли дать суетливому, крикливому человеку. Однако приоритет остаётся за версией с личным именем, так как подавляющее большинство русских фамилий образовано именно от имён и прозвищ, а не от нарицательных слов.

Фамилия Шимяков встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, а также в Сибири, куда переселенцы принесли её в XVII–XVIII веках. В документах XVII века упоминаются крестьяне Шимяковы в Устюжском и Сольвычегодском уездах — это указывает на крестьянское происхождение фамилии. Дворянских родов Шимяковых в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано.