Фамилия Шиникулова — редкий пример, где сразу бросается в глаза нерусская основа, но русская словообразовательная модель. Суффикс -ов (в женском роде -а) указывает на типичное для России патронимическое или «владельческое» образование: Шиникулова — это, скорее всего, дочь или жена Шиникула. Мужская форма фамилии — Шиникулов.

Корень «Шиникул» — почти наверняка тюркский, скорее всего, из казахского, башкирского или татарского языков. В основе лежит имя или прозвище. Разбираем его на части: «Шин» (или «Шын») и «Кул». «Кул» в тюркских языках означает «раб», «слуга», но в именах это не унизительное слово, а религиозно-почтительное: «раб Божий», «слуга Всевышнего». Вторая часть — «Шин» — может быть искажённым «Шын» (истина, правда) или «Шин» (в диалектах — крепость, сила). Таким образом, Шиникул — это «раб истины» или «слуга сильного», то есть имя с религиозным оттенком, данное при рождении.

Менее вероятная, но возможная версия: фамилия могла возникнуть от топонима — названия села или речки Шиникул (такие названия встречаются в Башкортостане и Челябинской области). Тогда Шиникуловы — это выходцы из того места.

Географически фамилия тяготеет к регионам смешанного русского и тюркского населения: Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, Челябинская область. Встречается она редко, что говорит о позднем закреплении (вероятно, в XVIII–XIX веках) и о том, что родоначальник не был массовым переселенцем, а происходил из конкретной семьи или аула.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Шиникуловы, скорее всего, были из числа крестьян или казаков, принявших православие, но сохранивших в фамилии память о тюркском имени предка. Суффикс -ов вместо более характерного для татар -ин или -ев здесь — результат русификации документах. Если бы фамилия осталась в исконной среде, она звучала бы как Шиникулов, а не, скажем, Шиникуллин. Это типичный случай, когда русская бюрократия «обрусела» тюркское имя по самому распространённому шаблону.