Фамилия Шипагина — женская форма фамилии Шипагин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Шипага. Слово «шипага» в русских говорах имело несколько значений, и выбор между ними — главный вопрос для этимолога. Самая вероятная версия: прозвище Шипага дали человеку с колючим, неуживчивым характером, от слова «шип» — «остриё, колючка». В этом случае фамилия относится к группе «характерологических» прозвищ, которые на Руси давали без злого умысла, скорее как меткую примету.

Менее распространённая, но тоже правдоподобная версия связывает основу с диалектным «шипать» — «щипать, теребить, обрывать». Тогда Шипагой могли прозвать того, кто занимался каким-то «щипковым» ремеслом: например, ощипывал птицу, обрабатывал лён или даже работал чесальщиком шерсти. В таком случае фамилия перешла в разряд «профессиональных», хотя и не самых очевидных.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шипагин — «сын Шипаги» или «человек из семьи Шипаги». Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно часты. Встречается фамилия и в варианте Шипагина — это просто грамматическая форма, указывающая на женщину, но в быту и документах обе формы сосуществуют.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования рассматриваются как типичные для прозвищной группы, где корень связан с внешними или поведенческими характеристиками. Прямых указаний на Шипагина в классических ономастических справочниках нет, но это не редкость: фамилия не слишком массовая, а значит, её носители могли быть выходцами из одной местности.

Социальный состав предков-Шипагиных, скорее всего, был крестьянским или ремесленным. Фамилия не несёт следов дворянского происхождения (нет суффикса -ский, нет упоминаний в родословных книгах). Если ваши предки носили эту фамилию, стоит поискать их в переписных книгах XVII–XVIII веков по Вологодской, Архангельской или Костромской губерниям — именно там диалект «шипага» был в ходу.