Фамилия Шипенкова образована от мужской формы Шипенков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Шипень. В русских говорах «шипень» могло означать колючий кустарник (шиповник), но чаще так называли человека с неуживчивым, колким характером. В некоторых диалектах слово «шипеть» употребляли в значении «ворчать, сердиться», так что прозвище могло закрепиться за брюзгливым или язвительным человеком.

Суффикс -енк- в фамилиях Шипенков/Шипенкова указывает на восточноукраинское или южнорусское происхождение. В этой модели суффикс -енк(о) первоначально означал «маленький, сын» (Шипень → Шипенко — «сын Шипеня»). При русификации фамилий на -енко часто добавляли -ов, получая форму Шипенков. Женский вариант Шипенкова — это притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чья?» (дочь или жена Шипенкова).

По данным переписей XIX — начала XX века, фамилия Шипенкова встречается преимущественно в Курской, Орловской и Воронежской губерниях — регионах, где были сильны украинские говоры и традиция образования фамилий через -енко. Это подтверждает связь с южнорусскими землями.

В отличие от более распространённой фамилии Шипов (от «шип»), Шипенкова сохраняет редкий суффикс, который чётко маркирует происхождение носителя из среды мелких служилых людей или крестьян. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это типичная крестьянская фамилия, возникшая не от имени святого, а от бытового прозвища.