Фамилия Шипоенко — яркий пример украинской модели образования фамилий. Её основа — «шип», а суффикс «-енко» указывает на происхождение с территории современной Украины, где такие патронимы (сын такого-то) были особенно популярны в XVII–XVIII веках. Шипоенко — это буквально «сын Шипа» или «маленький Шип».

Корень «шип» многозначен. Самая прямая версия — прозвище человека с колючим, язвительным характером, от которого «отскакивали», как от шипа. Однако не стоит сбрасывать со счетов и ремесленный контекст. В южнорусских и украинских говорах «шип» мог означать не только часть растения, но и острый инструмент, шило или стержень в механизме. Так могли прозвать сапожника (работающего с шилом), плотника или кузнеца, который работал с металлическими шипами.

Менее вероятная, но возможная версия — топонимическая. Фамилия могла образоваться от названия населённого пункта вроде Шиповое или Шиповатое, которых немало на Украине. Тогда Шипоенко — это «выходец из Шипового». Однако против этой версии говорит то, что суффикс «-енко» в чистом виде редко образует фамилии от названий мест (для этого чаще использовали суффиксы «-ский» или «-цкий»).

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает украинское происхождение. Есть Шип (без суффикса), Шипенко, Шипченко — все они построены по одной схеме. В России встречается фамилия Шипов, но это уже великорусская форма с суффиксом «-ов». Шипоенко — более архаичная и характерная именно для левобережной Украины (Черниговщина, Полтавщина, Слобожанщина), где патронимический суффикс «-енко» стал практически универсальным.

Социальный статус первых носителей фамилии был, скорее всего, казацким или крестьянским. В реестрах Войска Запорожского и метрических книгах Гетманщины такие фамилии на «-енко» встречаются сплошь и рядом, не указывая на дворянство, а лишь на принадлежность к определённому роду.