Фамилия Шипулько звучит по-южнорусски или по-украински: суффикс -ко типичен для украинской и белорусской ономастики. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от имени отца (Иван → Иванов), фамилии на -ко (Шипулько, Ковалько, Гринько) обычно закрепляли прозвище или профессиональное имя в уменьшительной форме. То есть Шипулько — это, скорее всего, «сын Шипули» или «маленький Шипуля».

Основа — «шип». Тут возможны два объяснения, и оба правдоподобны. Первое, самое прямое: прозвище Шипуля могли дать человеку с колючим, язвительным характером, «шипучему» — так на Руси называли острых на язык людей. Второе: Шипуля — это производное от «шипеть», «шипун». В говорах «шипуном» называли того, кто говорит с присвистом, шипит, или же мастера, работающего с чем-то шипящим (например, кузнеца у горна). В украинском языке «шипіти» означает то же самое, так что корень общеславянский.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с растением «шипшина» (шиповник). В народе колючие кусты называли «шипулькой», и прозвище могло пристать к садоводу или просто человеку, живущему у зарослей.

Фамилия встречается в основном на западе Украины (Волынь, Ровенская область) и в приграничных областях Беларуси. В России носители Шипулько редки, чаще всего это потомки переселенцев конца XIX — начала XX века. Сословной привязки нет: фамилия одинаково фиксировалась и у казаков, и у крестьян, и у мещан. В ревизских сказках XVIII века она не попадается, что указывает на позднее оформление — скорее всего, вторая половина XIX века, когда фамилии массово давали бывшим государственным крестьянам.

Если сравнивать с однокоренными — Шипулин, Шипунов, Шиповалов — фамилия Шипулько стоит особняком из-за уменьшительно-ласкательного суффикса. Шипуновы и Шипулины — это «шипуны» и «шипули» в прямом, часто пренебрежительном смысле, а Шипулько звучит мягче, как «колючка», но небольшая. Такое прозвище могли дать подростку или невысокому мужчине с острым языком.