Фамилия Ширкеева — женская форма мужской фамилии Ширкеев, и её разумнее разбирать через мужской вариант. Основа здесь — Ширкей, и это, скорее всего, не славянское, а тюркское имя или прозвище. В тюркских языках «шир» или «ширк» может означать «лев», «хищник» или отсылать к чему-то смелому, сильному. Встречается и вариант, где «ширке» — это «грязный», «нечистый», но такое прозвище давали редко и обычно с иронией, поэтому версия с «львом» правдоподобнее.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Ширкеев буквально значит «сын Ширкея» или «из рода Ширкея». Модель образования типична для русских фамилий, но основа выдает нерусское происхождение. Такие фамилии часто возникали в среде татар, башкир или других тюркских народов, которые входили в состав Российского государства и постепенно переходили на русские фамильные формы. В XVI–XVII веках многие служилые татары получали землю и записывались в документы с отчествами, которые потом закреплялись как фамилии.

Если копнуть глубже, в ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) похожие фамилии — Ширков, Ширманов — тоже связывают с тюркскими корнями. У Ширкеева есть редкая черта: основа не обрусела полностью, сохранила исходное звучание, что говорит о поздней фиксации фамилии или о том, что носители долго держались своей культурной среды. Географически Ширкеевы чаще встречаются в Поволжье — в Татарстане, Башкортостане, Самарской области, что подтверждает тюркский след.

Так что предки человека с фамилией Ширкеев, вероятно, были тюрками по происхождению, возможно, служилыми людьми или крестьянами, получившими фамилию по имени родоначальника. Точных дат и знаменитых носителей в открытых источниках нет — фамилия не массовая, но именно это делает её интересной для семейной истории.