Фамилия Ширхонина — женская форма фамилии Ширхонин, а сам исходный мужской вариант — одна из тех фамилий, чья основа вызывает споры у ономастов. В первую очередь бросается в глаза редкий суффикс: если большинство русских фамилий оканчивается на -ов/-ев или -ин, то здесь мы видим формант -ин, но с нестандартным наращением «хон». Такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ или имён, которые в исходной форме уже имели суффикс субъективной оценки. Скорее всего, в основе лежит личное имя или прозвище Ширхоня.

Самая вероятная версия связывает корень «шир» с диалектным глаголом «ширить» — расширять, делать широким, или с прилагательным «широкий». В северных и сибирских говорах «ширя» или «ширка» могло означать человека широкого в плечах, неуклюжего или, наоборот, размашистого в движениях. Суффикс «-хоня» в русских прозвищах (как в «тихоня» от «тихий» или «плохонький») придаёт слову уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок. Получается, Ширхоня — это «широковатый», «широкенький» человек, и прозвище дали по внешности или походке.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках есть слово «шир» (лев, тигр) и «хон» (кровь), но слияние их в одно прозвище маловероятно для русского ономастикона. Скорее, если и есть восточное влияние, то через имя Шир (как сокращение от Ширван или Шир-Али) с последующим русским суффиксальным оформлением, но тогда ожидалась бы форма Широв или Ширин.

Географически фамилия Ширхонин (и Ширхонина) встречается преимущественно в центральных областях России и в Поволжье, особенно в Нижегородской и Кировской областях. Это указывает на то, что фамилия возникла в среде крестьянского или мещанского сословия, где прозвища цеплялись особенно прочно. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировались редко, так как у простых людей их не было, а после отмены крепостного права прозвище могло стать официальной фамилией.

Таким образом, носительница фамилии Ширхонина с большой вероятностью происходит от предка, которого в деревне прозвали Ширхоней — либо за широкую фигуру, либо за манеру широко шагать или размахивать руками. Фамилия редкая, недворянская, и её история — это история народной наблюдательности, закреплённой в слове.