Фамилия Шишанкина — женская форма от Шишанкин, и её разбор стоит начать с редкого суффикса -анк-, который встречается в русских фамилиях значительно реже, чем привычные -ов или -ин. Этот суффикс обычно указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на -аня, -ан: Шишаня, Шишан. То есть Шишанкин — буквально «сын Шишани» или «потомок Шишана».

Основа здесь — «шиш», и это слово в русских говорах многозначно. Самое известное значение — заострённый предмет, кол, а также островерхий предмет вроде шишки или купола. Отсюда же пошло прозвище Шиш — так в старину могли назвать человека небольшого роста, острого на язык или, напротив, драчливого и колючего. В некоторых диалектах «шишом» называли бродягу или мелкого вора, но это значение в фамилиях встречается реже, так как прозвища такого рода обычно не давали публично.

Интересно, что фамилия Шишанкин — не единственная в этом гнезде. Есть Шишов, Шишанов, Шишкин, и все они восходят к одному корню. Но именно форма с -анк- выбивается из ряда: она говорит о том, что прозвище или имя Шишаня было в ходу, а значит, предок носителя фамилии был человеком заметным, возможно, с характерным поведением или внешностью. Географически фамилия больше тяготеет к северным и центральным регионам России, где диалектное слово «шиш» было особенно распространено.

Версия о связи с растением «шишанка» (народное название некоторых трав) маловероятна — такие ботанические прозвища редко становились основой для фамилий через суффикс -анк-. Правдоподобнее считать, что Шишанкины — потомки человека по прозвищу Шишаня, которое, в свою очередь, образовалось от «шиш» с уменьшительно-ласкательным оттенком.