Фамилия Шишанкова — женская форма фамилии Шишанков. Она образована от прозвища или имени Шишанко, а тот корень, который лежит в основе, почти наверняка связан со словом «шиш». В русских говорах у этого слова несколько значений: острый холм, кочка, шишка на теле, а также нечистая сила (в некоторых областях «шишом» называли лешего или беса). Но самое вероятное бытовое значение — прозвище человека с заметной особенностью: большого роста, сутулого, либо того, у кого была шишка или нарост. В старину прозвища давали по внешности охотно и без обид.

Модель образования фамилии проста: основа Шишан- плюс суффикс -к- (уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный), затем фамильный суффикс -ов. Шишанко — это форма, типичная для украинского и южнорусского именования: суффикс -анко/-енко часто встречается на территории современной Украины и в прилегающих областях России (Курская, Белгородская, Воронежская губернии). Поэтому географически фамилия Шишанков скорее всего происходит из южнорусских или малороссийских земель, где такие формы были нормой.

Фамилия Шишанкова — не самая частая, но и не уникальная. Её носительницы живут в основном в центральной России и Поволжье, хотя корни уходят на юг. Сословно предки могли быть крестьянами или мещанами: прозвищные фамилии на -ов обычно не носили дворяне, за исключением случаев, когда прозвище становилось родовым именем. В документах XIX века Шишанковы встречаются среди государственных крестьян и однодворцев.

Ударение в фамилии падает на второй слог: Шиша́нкова. В разговорной речи иногда смещают на последний слог, но это уже местный говор.