Фамилия Шишченко — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели. Суффикс -енко (в белорусском варианте -енка) указывает на происхождение от отца или предка: буквально «сын Шишка» или «потомок Шишка». В украинской ономастике этот суффиск был настолько массовым в XVI–XVIII веках, что почти вытеснил русские патронимы на -ов/-ев на территории современной Украины.

Основа фамилии — прозвище Шишка. В древнерусском языке «шишка» имело несколько значений, и выбрать одно из них сложно без конкретной семейной истории. Самое прямое — «нарост на дереве», но в переносном смысле так могли называть человека коренастого, плотного или с заметной шишкой на теле (например, от удара или болезни). Второе, не менее распространённое значение — «шишка» как «важная персона, начальник». В. И. Даль фиксирует: «шишка» — это «большак, старшина, воротила». В этом случае прозвище могло быть ироничным или, наоборот, уважительным.

Есть и третья, более редкая версия: в некоторых говорах «шишкой» называли скомороха или шута, а также человека, который «шишкает» — то есть суетится, делает всё шиворот-навыворот. Но эта гипотеза менее убедительна, так как прозвища с таким значением обычно закреплялись в других суффиксальных формах.

Географически фамилия Шишченко тяготеет к левобережной Украине (Черниговщина, Полтавщина, Сумщина) и югу России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки в XVIII–XIX веках. В реестрах запорожского казачества встречаются прозвища Шишка, а от них уже образовывались фамилии по обычной схеме: Шищенко, Шишченко, Шишко.

Интересно, что в русских говорах фамилия Шишченко могла возникнуть и на месте диалектного «шишко» — так в некоторых областях называли беса или лешего (от общеславянского «шиш» — черт). Но для украинской среды это значение нетипично, и вряд ли оно стало основой для массовой фамилии.

Сословно носители фамилии Шишченко в основном были крестьянами и казаками. В дворянские роды эта фамилия не входила — нет её в «Общем гербовнике». Встречается она и среди духовенства, но как случайная, не «семинарская» (семинаристам давали фамилии на -ский/-цкий).