Фамилия Шищкина — редкий случай, когда написание вводит в заблуждение. На слух она почти неотличима от распространённой фамилии Шишкина, но на письме бросается в глаза двойное «щ». Путаница возникает из-за того, что в русском языке нет твёрдого «щ»: звук [ш’] всегда мягкий, и на письме его передают буквой «щ». В фамилии Шищкина корень «шищ-» — это диалектный или искажённый вариант того же «шиш-», который лежит в основе фамилии Шишкин. Разница лишь в том, что в одном случае предка прозвали Шишка (заметная шишка на теле, важная персона или, по версии словаря В. Даля, человек с шишковатой головой), а в другом — Шищка, то есть та же «шишка», но произнесённая с местным смягчением или шепелявостью.

По словообразовательной модели это типичная «-ин» фамилия, указывающая на принадлежность: «чей?» — Шищкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Шищка. Суффикс «-ин» в русских фамилиях образуется от основ на -а, -я, поэтому Шищкина — женская форма, а мужская — Шищкин. Такие фамилии были широко распространены в северных и центральных губерниях России, где «оканье» и смягчение согласных давали множество диалектных вариантов. В метрических книгах XIX века можно встретить и Шишкина, и Шищкина, причём нередко в одной и той же волости: писарь записывал фамилию на слух, не задумываясь о норме.

Версия о тюркском происхождении (от «шиш» — опухоль, нарыв) маловероятна: фамилия слишком плотно вписана в русскую диалектную среду. Ещё реже встречается гипотеза, что Шищкина — это женская форма от фамилии Шищков, образованной от названия деревни Шищково (такие есть в Тверской и Псковской областях). Но в этом случае в основе лежал бы суффикс «-ов», а не «-ин», и фамилия звучала бы как Шищкова. Так что наиболее правдоподобно: предок носителя фамилии Шищкина был человеком, которого в быту называли Шищка, и это прозвище закрепилось за его родом.

Сословный состав носителей фамилии Шищкина был пёстрым, как и у большинства «прозвищных» фамилий. В ревизских сказках XVIII–XIX веков Шищкины встречаются среди государственных крестьян и мещан, реже — среди однодворцев южных губерний. Дворянских гербов с этой фамилией нет, что косвенно подтверждает её народное, неслужилое происхождение. Если вы ищете своих Шищкиных, стоит учитывать, что в современных базах данных часть записей может быть автоматически «исправлена» на Шишкина — это одна из самых частых ошибок оцифровки архивов.