Фамилия Шишидо — редкий случай, когда русская по форме фамилия почти наверняка имеет нерусские корни. Внешне она напоминает типичные русские фамилии на -о (вроде Шишко, Дурново), но её основа и ареал бытования указывают на японское происхождение. В японском языке фамилия Сисидо (или Сисё) записывается иероглифами, означающими «львиный храм» или «четыре мудреца», а вариант Шишидо — это историческая транслитерация, закрепившаяся в русскоязычной среде через старые системы записи (например, система Поливанова передаёт «си» как «ши»).

Если же отбросить японскую версию и предположить славянскую этимологию, то фамилия могла бы возникнуть от прозвища Шишида. В русских говорах «шиш» — это черт, бес, а также озорник или бродяга. Суффикс -ида нехарактерен для русских фамилий (обычнее -ич, -ов, -ин), но встречается в украинских и белорусских прозвищах как единичное образование. Однако такого словаря, как «Шишида» в значении «сын шиша», не зафиксировано, и ни один серьёзный ономастический справочник (Унбегаун, Веселовский) не упоминает подобной модели.

География фамилии окончательно склоняет к японской версии. Основная масса носителей Шишидо в России — это потомки японских эмигрантов, оказавшихся на Дальнем Востоке в первой половине XX века, либо люди, чьи предки взяли фамилию при записи в советские документы по созвучию с японской. В центральных и западных регионах России фамилия практически не встречается, что исключает её исконное славянское происхождение.

Таким образом, если вы носите фамилию Шишидо, ваши предки с высокой вероятностью были японцами, а сама фамилия — это русифицированная запись одной из японских фамилий рода Сисидо. Славянская версия, хоть и соблазнительна из-за созвучия с «шишом», не выдерживает проверки ни словообразованием, ни реальным расселением.