Фамилия Шишиян — яркий пример фамилии, образованной по армянской модели с суффиксом -ян. Этот суффикс, восходящий к древнему -янц, указывает на принадлежность к роду, клану или потомку определённого лица. В русской передаче окончание часто пишется как -ян, реже -ан или -янц. Таким образом, Шишиян означает «из рода Шиша» или «потомок Шиша».

Основа фамилии — прозвище или личное имя Шиш. В армянском языке слово «шиш» имеет несколько значений. Самое прямое — «шишка», «нарост», «выпуклость». В переносном смысле прозвище Шиш могли дать человеку с заметной физической особенностью — например, с шишкой на голове или крупным носом. Однако в тюркских языках, с которыми армяне веками соседствовали, «шиш» означает «опухоль», «нарыв», а также «вертел» для жарки мяса. В русских говорах слово «шиш» имело значение «острый предмет», «колючка», «бес» или «черт». Поэтому не исключено, что прозвище носило охранительный или ироничный характер: предка могли назвать Шишом, чтобы отпугнуть злых духов, или же он отличался острым, колючим характером.

География фамилии Шишиян в основном связана с историческими регионами проживания армян — Закавказьем, особенно с территорией современной Армении и Нагорного Карабаха. После геноцида армян 1915 года и последующих миграций носители фамилии расселились по всему миру: в России, США, Франции, Ливане, Сирии. В России фамилия встречается в Краснодарском и Ставропольском краях, Ростовской области, а также в Москве и Санкт-Петербурге — там, где сложились крупные армянские диаспоры.

С точки зрения словообразования фамилия Шишиян стоит в одном ряду с такими распространёнными армянскими фамилиями, как Петросян, Арутюнян, Григорян. Но если те образованы от христианских имён, то Шишиян отталкивается от прозвища, что делает её более редкой и неоднозначной по изначальному смыслу. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывают на отца (Иванов — сын Ивана), армянский суффикс -ян подчёркивает именно родовую принадлежность, клановость.

Социальный статус предков-носителей фамилии Шишиян установить сложно. Скорее всего, это были крестьяне или ремесленники, поскольку прозвища с «земными» значениями редко давали знати. В армянской среде фамилии на -ян начали массово закрепляться в XIX веке, когда Российская империя ввела обязательную перепись населения. До этого многие армяне обходились без фамилий, используя имя отца или прозвище.