Фамилия Шишханова — женская форма мужской фамилии Шишханов. Её основа — нестандартная для русского уха: в ней два корня — «шиш» и «хан». Это почти наверняка указывает на тюркское происхождение, скорее всего, кумыкское или ногайское, где «шиш» означает «опухоль», «нарыв», а в переносном смысле — «шишка», «заноза», «неприятность». «Хан» — титул правителя или военачальника. Вместе «Шишхан» могло быть прозвищем: либо человека, который «как хан для шишек» — то есть задиристого, неуживчивого, либо, что вероятнее, имя-оберег. В тюркской традиции нередко давали «плохие» имена (Котлы, Итбай — «собака-богач»), чтобы отвести от ребёнка сглаз или злых духов. «Шишхан» — буквально «хан нарывов» — могло означать, что носитель настолько ничтожен или неприятен, что злые силы не позарятся на его судьбу.

Суффикс «-ов» в фамилии — русский патронимический, который добавили при русификации или при записи в метрические книги. То есть исходное тюркское имя Шишхан превратилось в фамилию Шишханов, а затем и в женскую форму Шишханова. Судя по модели, фамилия могла закрепиться в среде терских или кубанских казаков, в среде горских народов Северного Кавказа, которые активно контактировали с русскими. Носители фамилии Шишхановы встречаются в Дагестане, Чечне, а также среди кумыков и ногайцев.

В русском языке есть и другая версия — от слова «шишка» в значении «важная персона». Но тюркский корень «хан» в сочетании с «шиш» выглядит убедительнее: русская фамилия Шишкин уже заняла эту нишу, а двойной корень «шиш+хан» — явный маркер иноязычного влияния. Если бы фамилия была чисто русской, мы бы ждали форму Шишкин или Шишков.

Таким образом, Шишханова — фамилия, которая хранит память о тюркском прозвище, возможно, данном с обережной целью, и о процессе русификации, когда к местному имени добавили стандартный русский суффикс. Это не редкий случай на Кавказе, но для центральной России фамилия звучит необычно и выдаёт корни носителя.