Фамилия Шишпанов образована от прозвища Шишпан. Оно, предположительно, берет начало от нарицательного «шушпан» со значением «сарафан особого покроя: с рукавами, без боров сзади», «мужской и женский холщевый кафтан, с красною оторочкой, обшивкою, иногда вышитый гарусом». Вероятно, именование Шишпан относится к профессиональным и указывает на род занятий его обладателя. Возможно также, что прозвище Шишпан этимологически связано с хакасским существительным «шiш» - «волдырь». Можно предположить, что Шишпаном назвали человека, который когда-то имел крупный волдырь на видном месте, например, на руке. Так и прозвище Шишпан закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шишпанов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишпан, со временем получил фамилию Шишпанов. Так, например, в Книге памяти Республики Хакасия упоминаются Дмитрий Иванович Шишпанов, родившийся в 1932 году в Аскизском районе, Иван Константинович Шишпанов, родившийся в 1905 году там же.