Фамилия Шишпанова — женская форма фамилии Шишпанов, а та, в свою очередь, образована от прозвища Шишпан. В основе прозвища лежит диалектное слово «шишпан», которое в южнорусских и украинских говорах означало «бедняк», «голытьба» или «бродяга». В некоторых регионах так называли мелкого торговца или скупщика, который ходил по деревням и скупал лён, пеньку или щетину — проще говоря, «шишпан» был синонимом коробейника или офени.

Интересна словообразовательная модель. Суффикс -ов- в фамилии Шишпанов указывает на типичную русскую патронимическую форму: «чей?» — «Шишпанов», то есть сын Шишпана. Само же прозвище Шишпан образовано с помощью тюркского суффикса -пан, который в русских говорах часто придавал слову оттенок пренебрежения или указывал на род занятий. Встречается этот суффикс, например, в фамилиях Болван, Болванов (от «болван» — чурбан, неотёсанный человек) или в прозвище Кашпан (от «каша»?).

География фамилии Шишпановых довольно узкая. По данным переписей и архивов, основное гнездо фамилии — южные регионы России, особенно Ростовская область, Краснодарский край и Ставрополье. Встречается она и на Украине, в Харьковской и Сумской областях. Это косвенно подтверждает связь с диалектным «шишпан» именно южнорусского ареала.

Другие версии происхождения, например, от названия растения «шишпан» (шиповник) или от тюркского личного имени Шиш-Пан, выглядят менее убедительными. Растение «шишпан» — редкий местный вариант названия шиповника, но прозвища по растениям обычно образуются иначе (Шиповников, Кустов). А тюркская версия не находит прямых параллелей в антропонимике — ни в словаре турецких личных имён, ни в славянских адаптациях тюркских прозвищ такого корня нет.

Таким образом, носитель фамилии Шишпанова — потомок человека, которого в XIX веке прозвали за бедность или за бродячий образ жизни, либо за то, что он ходил по сёлам с товаром. Фамилия не дворянская и не крестьянская по происхождению — скорее всего, она возникла в среде сельских торговцев или вольных переселенцев на южных рубежах России.