Фамилия Шкаабенко — редкий случай, когда в основе лежит не русское, не украинское, а, скорее всего, немецкое или еврейское слово, переработанное украинским суффиксом. Написание сразу бросается в глаза: двойная «а» в корне «Шкааб» нехарактерна для славянских фамилий. Скорее всего, это адаптация немецкой фамилии Schaab или Schab (произносится «Шааб» или «Шаб»).

В немецком языке «Schaab» восходит к средневерхненемецкому «schabe» — «моль» или «стружка». В переносном смысле так могли прозвать либо скрягу (человека, который «скоблит» каждую копейку), либо, наоборот, ремесленника, работающего со стружкой — столяра или плотника. Другая версия: Schaab — вариант фамилии Schab, означающей «шах» или «персидский правитель», но в качестве прозвища это маловероятно и скорее указывает на восточное происхождение предка.

Суффикс «-енко» — типичный украинский патронимический показатель, означающий «маленький» или «сын». В XVII–XVIII веках этот суффикс активно «навешивали» на иноязычные корни, когда носители немецких, польских или еврейских фамилий переселялись на земли современной Украины. Таким образом, Шкаабенко — это «сын Шкааба» или «потомок того, кого звали Шкааб».

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и востоку Украины, но встречается крайне редко. В дореволюционных метрических книгах её почти нет — вероятно, фамилия сложилась поздно, в конце XIX века, когда немецкие колонисты или ремесленники из Австро-Венгрии смешивались с местным населением и получали «украинизированную» запись.

Стоит отметить, что двойная «а» могла возникнуть из-за ошибки писаря: немецкое «Schaab» на слух воспринималось как «Шкааб» (с твердым «ш»), и букву удвоили для передачи долготы гласного. Встречаются варианты Шкабенко и Шкаабенко — второй точнее передаёт исходное произношение.