Фамилия Шкабенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс (а также его варианты -енко, -ко) исторически выполнял роль патронимического показателя, то есть указывал на происхождение от отца: Шкабенко — буквально «сын Шкабы» или «потомок Шкабы». Такая модель стала массовой в Поднепровье, на Левобережной и Слободской Украине в XVI–XVII веках, и сегодня фамилии на -енко — одни из самых распространённых в Украине.

Основа фамилии — Шкаба (или Шкаб). Это слово не принадлежит к частотным именам или прозвищам, и его этимология вызывает споры. Наиболее вероятная версия связывает его с украинским диалектным «шкаба» — «заноза», «осколок», «щепка». В переносном смысле прозвище Шкаба могли дать человеку худощавому, сухому или, наоборот, колкому, язвительному. В говорах западных регионов «шкаба» могло означать и «скряга», «скупой человек» — то есть прозвище носило оценочный характер, как многие бытовые именования.

Менее убедительна, но возможна связь с польским «szkapa» — «кляча», «худая лошадь»: такое прозвище мог получить человек, имевший дело с лошадьми, либо же невысокий и неказистый. Однако фонетически украинское «шкаба» ближе к версии с «занозой». В любом случае, корень прозвищный, от имени или профессии он не образован.

Географически фамилия Шкабенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской. В России она встречается реже, в основном в южных регионах и в среде потомков украинских переселенцев. В письменных источниках фамилия фиксируется с XIX века, хотя сама модель существовала задолго до этого. О сословной принадлежности первых носителей судить сложно: прозвищные фамилии на -енко несли и казаки, и крестьяне, и мещане.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шкаба, Шкабин, Шкабов — показывает, что все они восходят к одному и тому же диалектному слову, но различаются территорией и способом оформления: русские фамилии на -ин и -ов фиксируют принадлежность (чей?), а украинская на -енко — происхождение (чей сын?). Таким образом, Шкабенко — фамилия, которая прямо указывает на украинские корни рода и на то, что родоначальник получил своё прозвище не по отцу, а по личной черте или внешности.