Фамилия Шкабенева образована от мужской формы Шкабенев. Это редкая фамилия, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Шкабень. На первый взгляд основа напоминает слово «шкаб» — так в некоторых русских говорах называли скупого или прижимистого человека. Однако более вероятно, что в основе лежит не прозвище по характеру, а профессиональное именование.

Слово «шкабень» в диалектах означало деревянную колодку или чурбан, а также — скобу, крюк. В таком случае Шкабенем могли прозвать плотника, столяра или мастера, делавшего деревянные детали для упряжи, замков или судов. Иногда так называли человека грубого, «чурбана» — по внешнему сходству с неотёсанным поленом.

Суффикс -ев в фамилии указывает на притяжательную модель: Шкабенев — сын Шкабеня. Окончание -а в женской форме Шкабенева типично для русских фамилий и не меняет смысла.

География фамилии узкая. Основные носители сосредоточены в центральных и северных областях России — Вологодской, Костромской, Кировской. Это косвенно подтверждает связь с плотницким ремеслом: в этих регионах лесное дело и деревообработка были основным занятием крестьян.

Среди однокоренных фамилий — Шкабин, Шкабов, Шкаба. Все они восходят к тем же диалектным корням и различаются только суффиксальным оформлением. Фамилия Шкабенева — не дворянская и не купеческая, а типично крестьянская, возникшая в среде, где прозвище давали по занятию или внешней черте. Со временем прозвище закрепилось за потомками и превратилось в фамилию, сохранив память о ремесле далёкого предка.