Фамилия Шкабенкова — женская форма фамилии Шкабенков, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. Чтобы понять корни, нужно разобрать основу «Шкабенк-», которая образована при помощи суффикса -енк-. Этот суффикс в русских фамилиях — характерная примета украинского или белорусского влияния. В XVII–XVIII веках, когда на южнорусских землях активно формировались фамилии, суффикс -енко (в русской адаптации — -енк-) означал «маленький», «сын такого-то». То есть Шкабенков — это буквально «сын Шкаба» или «маленький Шкаб».

Корень «Шкаб-» — спорный и редкий. Самая вероятная версия: он восходит к украинскому или белорусскому слову «шкаба» — так в некоторых говорах называли щепку, занозу, а также худого, щуплого человека. Прозвище Шкаб могли дать либо за внешность (очень худой), либо за профессию — например, столяру или плотнику, который работал со щепой и стружкой. Вторая гипотеза, менее убедительная, связывает корень с диалектным глаголом «шкабать» (чесать, скрести, царапать) — тогда прозвище могло относиться к человеку с въедливым характером или к тому, кто занимался обработкой льна или кожи.

Фамилия Шкабенкова встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Белгородской и Ростовской областях — то есть в зоне исторического расселения украинских переселенцев. В дореволюционных переписях носители фамилии числились в основном крестьянами и мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её простонародное, ремесленное происхождение.

Примечательно, что фамилия Шкабенков (и её женская форма) сохранила редкую словообразовательную модель: суффикс -енк- в русском языке чаще встречается в фамилиях на -енко (Шкабенко), а здесь он адаптирован под русскую патронимическую схему с окончанием -ов. Это указывает на то, что предки Шкабенковых, вероятно, переехали с Украины или из Белоруссии в великорусские губернии, где их фамилию «обрусили», приписав типовое окончание. Таким образом, в фамилии Шкабенкова соединились южнорусский корень и северная модель образования, что делает её интересным примером межрегионального смешения.