Фамилия Шкаберова — женская форма фамилии Шкаберов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именованием предка. Основа фамилии — «шкабер» — звучит необычно для русского уха, что сразу наводит на мысль о заимствовании или диалектном слове.

Скорее всего, корень «шкабер» восходит к тюркскому или кавказскому языковому субстрату. В ряде тюркских языков есть слово, близкое к «шкабыр» или «шкапер», которое может означать «быстрый», «проворный» или же относиться к названию ремесла — например, изготовителя кожаной обуви или седел. В осетинском языке есть слово «схъæбыр» (крепкий, сильный), что тоже могло лечь в основу прозвища. Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище Шкабер за ловкость, силу или род занятий.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов (-ева у женщин) указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». То есть Шкаберов — это потомок или сын человека по прозвищу Шкабер. В русской ономастике такая модель была особенно распространена среди крестьян и мещан, особенно в южных и восточных губерниях, где был силён тюркский и кавказский языковой контакт.

Географически фамилия Шкаберова встречается преимущественно в Ставропольском крае, Ростовской области и Краснодарском крае — регионах, где исторически жили казаки и где смешивались русские, тюркские и кавказские этносы. Встречается она и в Закавказье, в среде русскоязычного населения. Это косвенно подтверждает версию о тюркском или кавказском происхождении основы.

Редкость фамилии говорит о том, что родоначальник, скорее всего, не принадлежал к дворянству или купечеству — такие фамилии редко фиксировались в ревизских сказках и метрических книгах центральных губерний. Шкаберовы — это, вероятно, потомки вольных переселенцев, казаков или крестьян, осевших на южных рубежах России.