Фамилия Шкаберин — редкий пример, где основа почти наверняка связана не с личным именем или профессией, а с прозвищем, которое дали по внешности или манере поведения. В её основе лежит диалектное слово «шкабер» или «шкабыр». В южнорусских и украинских говорах так называли человека с грубой, огрубевшей кожей, с шершавыми руками — от глагола «шкабать» (царапать, скрести, делать зазубрины). Прозвище Шкабер могли дать либо тому, кто постоянно работал руками без рукавиц (кузнец, пахарь, плотник), либо, наоборот, неуклюжему человеку, который вечно обо всё царапался.

Суффикс -ин указывает на модель образования от прозвища, оканчивающегося на -а или на согласный: «чей?» — Шкаберин, то есть сын или потомок Шкабера. Это типичная патронимическая модель для центральной и северной России, но сама основа «шкабер» почти не встречается в официальных документах — она жила в устной речи. Альтернативная версия, что фамилия образована от названия населённого пункта (гипотетического Шкаберово), маловероятна: такой топоним не зафиксирован ни в одном справочнике.

Стоит обратить внимание на орфографическую устойчивость: фамилия пишется через «е» во втором слоге, хотя в говорах могло звучать «Шкабырин» или «Шкабарин». Форма на -ин, а не на -ов, тоже показательна: она часто закреплялась за прозвищами, которые оканчивались на твёрдый согласный и воспринимались как притяжательные прилагательные. По социальному составу носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянскому или мещанскому сословию — дворянские роды с такой основой не известны.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, основная масса Шкабериных сосредоточена в Курской и Белгородской областях, что косвенно подтверждает южнорусское происхождение прозвищной основы. В других регионах фамилия единична и, вероятно, появилась в результате миграций конца XIX — начала XX века.