Фамилия Шкаберина — женская форма, а мужская, Шкаберин, в русской модели образования типична: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын или потомок Шкабери. Основа здесь неочевидная, и это делает фамилию редкой и интересной для разбора.

Самая вероятная версия — прозвище Шкаберя от глагола «шкаберить» или диалектного «шкаберный». В северных и сибирских говорах «шкаберный» означало «скупой, прижимистый, скряга»; слово «шкабер» фиксировалось в значении «скупец». Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, отличался бережливостью, доходящей до крайности, или же, наоборот, иронично — мотоватостью. Суффикс -ер(я) в прозвищах характерен для экспрессивной оценки: Шкаберя — тот, кто шкаберит, то есть скупится.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с профессиональным термином. В некоторых ремёслах «шкаба» или «шкабер» могло обозначать инструмент для скобления, например, столярный или кожевенный. Тогда Шкаберя — прозвище мастера, работающего таким инструментом. Но эта гипотеза слабее: в словарях такого значения нет, а диалектная лексика чаще даёт именно смысл «скупой».

Географически фамилия Шкаберин встречается спорадически, преимущественно на Русском Севере, в Вологодской и Архангельской областях, а также в Сибири, куда переселенцы уходили в XVII–XIX веках. Это подтверждает связь с севернорусскими говорами. В боярских или дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — скорее всего, она крестьянского или посадского происхождения.

Однокоренные фамилии — Шкабердин, Шкаберов — встречаются ещё реже, и все они восходят к той же диалектной основе. Таким образом, Шкаберина — это фамилия-прозвище, отражающая либо скупой нрав предка, либо, с меньшей вероятностью, его ремесло.