Фамилия Шкафенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала главным способом образовывать фамилии в Поднепровье и на Левобережье. Суффикс -енко изначально имел значение «маленький» или «сын»: Шкафенко — буквально «маленький Шкаф» или «сын Шкафа». Но за этим «шкафом» скрывается не мебель, а прозвище человека.

Основа фамилии — прозвище Шкаф. В украинской и южнорусской традиции так могли назвать человека по двум причинам. Первая — внешняя: крупный, грузный, плотный мужчина, похожий на большой сундук или шкаф. Вторая — профессиональная: в говорах «шкафом» иногда называли мастера, который делал шкафы, то есть столяра-мебельщика. Оба значения реалистичны, но прозвище по внешности встречалось чаще — оно более экспрессивно и легче закреплялось в быту.

Фамилия Шкафенко распространена преимущественно на территории современной Украины и в южных областях России, куда шла миграция украинских крестьян в XIX веке. Встречается и вариант Шкапенко — с упрощением «ф» на «п», характерным для некоторых украинских говоров, где звук «ф» заменяли на «п» или «хв». Поэтому Шкафенко и Шкапенко — фактически одна фамилия в разных фонетических записях.

Редкость фамилии в том, что она образована от нарицательного, которое почти не встречается в других славянских фамилиях. В русских фамилиях на -ов есть Шкафов, но он тоже редок. Шкафенко же стоит особняком: это не вариант великорусской фамилии, а чисто украинская модель, где прозвище Шкаф получило патронимический суффикс. Вероятнее всего, первый носитель получил фамилию в конце XVII — начале XVIII века, когда на Гетманщине массово фиксировали казачьи и крестьянские фамилии.

Сословная принадлежность у Шкафенко могла быть разной: от казака до крепостного, но прозвище Шкаф не указывает на знатность — оно из бытовой, простонародной среды. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано.