Фамилия Шкабцев — довольно редкая, и её происхождение уходит корнями в прозвище, связанное с родом занятий или характерным действием. В основе фамилии лежит слово «шкаб» или «шкаба». В русских говорах «шкабом» называли бондаря — мастера по изготовлению бочек, кадок и другой деревянной посуды. В некоторых диалектах «шкаб» означал «скобель», то есть инструмент, которым скоблят, строгают дерево. Таким образом, прозвище Шкаб почти наверняка дали человеку, который работал с деревом — плотнику, бондарю или столяру. Возможно, прозвище было ироничным: так могли назвать и того, кто постоянно что-то чинил или строгал.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе «Шкаб» добавился патронимический суффикс «-ец», указывающий на принадлежность («сын Шкаба»). Затем притяжательный суффикс «-ев» закрепил фамилию в форме Шкабцев. Такая модель (основа + -ец + -ев) встречается, но не так часто, как просто -ов или -ев, что придаёт фамилии дополнительную словообразовательную особенность. Сравните с фамилиями Кузнецов (от кузнец) или Гончаров (от гончар) — там суффикс -ец не использовался, а здесь он есть.

Географически фамилия Шкабцев, скорее всего, имеет севернорусские или центральнорусские корни, где бондарное и плотницкое дело было широко распространено. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, что подтверждают данные современных телефонных справочников. В старых документах фамилия фиксируется с XVII века, например, в переписных книгах Вятки и Перми, где упоминаются крестьяне Шкабцевы.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «шкаб» — «мешок», «сума». Но для русской ономастики она маловероятна, так как прозвище в этом случае не прижилось бы в крестьянской среде, где преобладали прозвища по ремеслу. Поэтому версия о деревообработке остаётся основной.