Фамилия Шканакина — женская форма фамилии Шканакин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Шканака. Слово «шканака» в русских говорах имеет два основных значения: либо «щепка, лучина», либо «худая, тощая женщина» (от глагола «шканать» — худеть, сохнуть). Первое значение указывает на ремесло: предок мог быть щепенником, изготовителем лучины или мелких деревянных изделий. Второе — на внешность: так могли прозвать очень худого человека.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Шканакин буквально означал «сын Шканаки» или «человек из семьи Шканаки». Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин часто возникали из прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно в Поволжье и на Урале — в Пермском крае, Кировской и Нижегородской областях. Это зона позднего закрепления фамилий (XVII–XVIII века), где прозвища нередко отражали бытовые реалии или физические особенности.

Однокоренные фамилии — Шканаев, Шканин, Шканов. Все они восходят к той же основе, но с разными суффиксами. Шканакина стоит особняком: двойной суффикс -ак-ин (Шкан-ак-ин) встречается реже, чем простой -ин, и может указывать на уменьшительно-ироничную форму прозвища.

В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется в основном среди крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией нет. Современные носители живут в основном в России, единичные — в странах бывшего СССР.