Фамилия Шканакин встречается нечасто, но её происхождение прослеживается довольно прозрачно. В основе лежит прозвище Шканака — вероятно, уменьшительная форма от слова «шкап» (старое произношение слова «шкаф»). В русских говорах «шкапом» или «шканечкой» могли называть плотного, коренастого человека, а иногда и того, кто работал с деревянными изделиями — шкафами, ларями. Суффикс -ак- придаёт слову разговорный, бытовой оттенок: Шканака — это человек, которого в шутку или по сходству прозвали «шкафчиком».

Модель образования фамилии типична для восточнославянской ономастики: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» → Шканакин, то есть сын или потомок Шканаки. Такая схема была особенно распространена в северных и центральных регионах России, где фамилии на -ин образованы от названий профессий, прозвищ или черт внешности. В этом смысле Шканакин стоит в одном ряду с фамилиями Шкапов, Шкафов, Шкапин — все они восходят к тому же корню «шкап».

Любопытно, что в некоторых диалектах «шкана» означала не шкаф, а небольшой сундук или короб. Если прозвище дали не по внешности, а по занятию, то предок мог быть столяром-краснодеревщиком или торговцем утварью. В писцовых книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Шкапка, но документальных записей именно о Шканакиных до XIX века пока не обнаружено — фамилия остаётся локальной и редкой.

Географически Шканакины чаще всего фиксируются в Вятской и Пермской губерниях — на территории бывшего вятского наречия, где слово «шкан» (шкаф) произносили с твёрдым «к». Это косвенно подтверждает, что фамилия сформировалась именно в севернорусском диалектном ареале. В современной России носители фамилии рассеяны, но заметного скопления не образуют нигде.