Фамилия Шканин — одна из тех, где прозрачная основа скрывает за собой спорную географию и неочевидное занятие предка. Она образована по самой распространённой в русском языке патронимической модели: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын такого-то», а основа — личное или прозвищное имя Шкана.

Корень здесь — «шкан». В диалектах русского языка это слово имеет два основных значения. Первое, и самое вероятное для фамилии, — «шкан» как вариант слова «шканец»: так моряки называли приподнятую часть палубы, где отдавались команды. В переносном смысле «шканом» могли прозвать бойкого, расторопного человека, который «на виду», либо того, кто служил на корабле и имел дело со шканцами. Второе значение — диалектное, зафиксированное в северных говорах: «шкан» означало небольшой сундук, ларь или короб. Тогда прозвище Шкан мог получить либо столяр, делавший такую мебель, либо человек, хранивший в таком сундуке ценности, — по сути, «сундучник» или «ларечник».

Менее убедительна версия, связывающая основу с глаголом «шканить» — в архангельских говорах это значило «хитрить, лукавить». Если бы фамилия происходила от такого глагола, мы ожидали бы форму Шканин с ударением на второй слог и иным суффиксом. Скорее всего, это случайное звуковое совпадение.

Географически фамилия Шканин редкая. По переписям XIX — начала XX века она встречается почти исключительно в двух регионах: в Поморье (Архангельская губерния) и на юге — в казачьих областях Дона и Кубани. Северная привязка усиливает версию с морскими терминами: жители побережья Белого моря активно занимались промыслами и мореходством, и прозвище от корабельной лексики было естественным. Южные Шканины могли быть потомками переселенцев с севера или же носителями прозвища, данного за расторопность и «видность» в станице.

Фамилия сохранила редкий для русского именника корень. В отличие от массовых Кузнецовых или Ивановых, Шканин не имеет очевидных «близнецов» — однокоренных фамилий вроде Шканёв или Шканцев практически нет. Это делает её ценной для генеалогии: каждый носитель с высокой вероятностью происходит из очень узкого круга семей, а значит, восстановить родословную по документам проще, чем при поиске в море однофамильцев.