Фамилия Шкакин — довольно редкая и неочевидная по происхождению. Её основа — «Шкака» — не встречается в современных именах или распространённых прозвищах, поэтому здесь приходится строить лингвистические гипотезы.

Самый вероятный путь: в основе лежит прозвище Шкака. В русских говорах слово «шкакать» означало «хромать», «прихрамывать», а в некоторых диалектах — «ковылять», «идти вразвалку». Соответственно, Шкакой могли прозвать человека с хромотой или характерной, неуклюжей походкой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шкакин, то есть сын или потомок Шкаки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркскими корнями. В тюркских языках есть слова типа «шак» (вспышка, молния) или «шака» (острый, колкий). Однако в русской ономастике фамилия Шкакин не привязана к регионам компактного проживания тюркских народов, и тюркская гипотеза не подкреплена географией бытования.

Фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России, но везде — единичными вкраплениями. Нет ни одного известного исторического деятеля с этой фамилией, что подтверждает её «демократическое» происхождение: скорее всего, предки были крестьянами или ремесленниками, получившими фамилию по уличному прозвищу.

В написании возможна путаница: иногда фамилию записывают как «Шкакин» или «Шкакина» (женский вариант), но форма с одной «к» — основная и единственно верная для мужского рода. В дореволюционных метрических книгах можно встретить вариант «Шкакинъ» с твёрдым знаком на конце.

Если коротко: фамилия Шкакин — это отчество от прозвища, данного по физической особенности (хромота или походка), и её носители — потомки человека, которого в деревне звали Шкакой.