Фамилия Шкедя — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, не обрастая типичными русскими суффиксами -ов или -ин. Её основа — слово «шкедя», которое в юго-западных говорах (украинских, белорусских, а также в пограничных русских областях) означало тощего, худого, тщедушного человека. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «шкедина» в значении «худая скотина, дохлятина», а также глагол «шкедиться» — скупиться, жадничать. Таким образом, прозвище Шкедя могли дать либо очень худому человеку, либо тому, кого считали скупым и прижимистым.

Модель образования фамилии — застывшее прозвище в именительном падеже без дополнительных формантов. Это характерно для украинской и белорусской ономастики, где фамилии на -а, -я нередко сохраняют исходную форму: Голота, Нечоса, Шкедя. В русской традиции такие фамилии чаще встречаются у выходцев с юга и запада, а не из центральных областей. Если бы фамилия оформлялась по великорусскому образцу, мы бы получили Шкедин или Шкедев, но этого не произошло.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — западные регионы России (Брянская, Смоленская области), а также восток Украины и юг Беларуси. В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении, скорее всего, среди крестьян или мещан, не имевших наследственных родовых имён до ревизских сказок XIX века.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Шкедю связывают с диалектным «шкед» — плут, пройдоха. Это правдоподобно, но менее распространено, чем «худой»: в говорах «шкед» встречается реже и имеет скорее польские корни (szkoda — убыток, вред). Наиболее вероятный источник — именно описание внешности или характера, а не профессии или места жительства.

Фамилия Шкедя — хороший пример того, как язык сохраняет живые диалектные слова, которые уже вышли из обихода. Носитель этой фамилии может с большой вероятностью считать своими предками крестьян из западнорусских или украинских земель, а само прозвище, скорее всего, было дано за худобу или скупость — качество, которое в деревенской среде не оставалось незамеченным.