Фамилия Шкибера восходит к именованию Шкибер, которое, предположительно, восходит к нижненемецкому слову skiba – «кусок хлеба». Возможно, что именование Шкибер мог получить человек, который занимался производством или продажей хлеба. Вполне вероятно, что именование Шкибер восходит к названию немецкого поселения Шкибе. Таким образом, именование Шкибер указывает на место, из которого был родом его носитель. Не исключено, что именование Шкибер связано с нарицательным «шкиба», имеющим значение «круглый инструмент для скобления». Вероятнее всего, это прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность человека. Возможно, основатель рода Шкибера был скорняком, выделывающим шкуры, или плотником, пользующимся специальным инструментом для скобления. Суффикс -а, который участвует в образовании фамилии Шкибера, указывает на то, что она подверглась влиянию украинского языка.