Фамилия Шкинина — женская форма, а мужская, Шкинин, образована от прозвища или имени Шкиня. Основа здесь короткая и ёмкая, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шкинин, то есть сын или потомок Шкини. Такая модель типична для русских фамилий, особенно в северных и центральных губерниях, где -ин встречается чаще, чем -ов.

Слово «шкиня» в русских говорах неоднозначно. Самое вероятное объяснение — связь с диалектным глаголом «шкинить», то есть «хитрить, лукавить, притворяться». В этом случае Шкиня — прозвище человека с хитрецой, изворотливого или скрытного. Такие прозвища давали не с осуждением, а как меткую бытовую характеристику: в деревне ценили наблюдательность, а не придворную вежливость.

Вторая версия, менее распространённая, отсылает к слову «шкина» — в некоторых говорах так называли скулу или челюсть. Тогда прозвище могло относиться к внешности: человек с выступающими или крупными скулами. Такие «анатомические» прозвища тоже обычны для русской антропонимии, но для фамилии Шкинина этот корень встречается реже, чем «хитрый».

Фамилия редкая, географически тяготеет к северо-востоку европейской России — Вологодской, Кировской, Архангельской областям. Там же фиксируются однокоренные фамилии: Шкин, Шкинов, Шкинёв. Встречаемость Шкининой в современных базах невысока, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, фамилия пошла из одного или нескольких соседних сёл.

Никакого отношения к слову «шкипер» или морским терминам фамилия не имеет — это случайное созвучие. Сословно предки Шкининых скорее всего были крестьянами или посадскими людьми, поскольку фамилии на -ин в этой среде — норма, а среди дворянства такие формы редки и обычно имеют другую основу.