Фамилия Шкипарев образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — от прозвища или профессии с помощью суффикса -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или -й. В данном случае основа — «Шкипарь», а значит, предок носителя фамилии был шкипарем.

Слово «шкипарь» — это просторечная форма морского термина «шкипер» (от нидерландского schipper — «капитан», «судовладелец»). В русском языке XVIII–XIX веков шкипарем называли капитана небольшого торгового или рыболовецкого судна, а также старшего матроса, ведавшего такелажем и судовым имуществом. Прозвище Шкипарь могли дать человеку, который служил на корабле, командовал баркой или ходил по рекам и морям.

Фамилия Шкипарев — относительно редкая. Она встречается в основном в южных и центральных регионах России, где было развито речное судоходство: в Ростовской, Волгоградской, Астраханской областях, а также на Дону и Волге. Это косвенно подтверждает, что предки носителей фамилии могли быть связаны с водным транспортом, а не с сухопутными ремёслами.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не фиксирует фамилию Шкипарев, но её однокоренные варианты — Шкиперов, Шкипёров — встречаются в документах XIX века. Разница в написании (через «ё» или «е») объясняется просто: в дореволюционной орфографии букву «ё» часто заменяли на «е», поэтому фамилия могла звучать как Шкипёрев, но писаться через «е». Со временем вариант с «е» закрепился.

Встречается также фамилия Шкипарь (без суффикса), что типично для украинских и белорусских земель, где прозвище могло перейти в фамилию в неизменной форме. Русская же версия с суффиксом -ев указывает на отчество: Шкипарев — это «сын шкипаря», и такая модель была стандартной для крестьянских и мещанских фамилий центральной России.