Фамилия Шкипетас — редкий случай, когда русская по форме фамилия имеет литовские корни. Её основа — литовское слово škipeta (или диалектное škipetis), которое означает «щепка», «заноза», «осколок». В переносном смысле так могли назвать человека худого, сухопарого, либо того, кого считали колким, язвительным, «как заноза».

Модель образования фамилии необычна для русского уха. Формант -ас — это не русский суффикс, а литовское окончание именительного падежа мужского рода. В Литве такие фамилии (с окончанием -as) — норма: например, Будрайтис, Садаускас. В русском языке это окончание при заимствовании часто отбрасывали, но здесь оно сохранилось. Таким образом, Шкипетас — это не русифицированная, а прямая литовская форма прозвища, которая попала в русский быт. Носитель такой фамилии, скорее всего, происходил из литовских или смешанных белорусско-литовских земель (историческая Литва, Жемайтия, Виленщина).

В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность отцу («чей ты?»), литовская модель на -ас фиксирует индивидуальное прозвище самого человека. То есть первый Шкипетас получил это прозвище лично — за внешность или характер. Сословной привязки у такой фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мелкая шляхта в Великом княжестве Литовском. Географически фамилия встречается в Литве и на западе Беларуси, а в России — единичными семьями, чаще всего потомками переселенцев из Прибалтики.

Интересно, что в литовском языке есть и родственное слово škipetė (женского рода) — «заноза». Если бы фамилия образовалась от него, она звучала бы как Шкипете, но форма Шкипетас однозначно мужская. Встречается также вариант Шкипеть (без окончания -ас) — это уже русифицированная форма, когда литовское окончание отбросили, оставив чистую основу. Оба варианта восходят к одному корню, но Шкипетас — более архаичная и литовская по звучанию версия.