Фамилия Шкипина, скорее всего, образована от прозвища или нецерковного имени Шкипа. В русских говорах слово «шкипа» имело несколько значений, но наиболее вероятное — «заноза», «щепка» или «небольшой осколок». Прозвище Шкипа могли дать человеку худощавого телосложения, либо же тому, кто был «колючим» на язык, задиристым. В некоторых диалектах «шкипать» означало «щипать», «драть», что могло указывать на ремесло, связанное с обработкой льна или шерсти.

В отличие от большинства русских фамилий, оканчивающихся на -ов/-ев, Шкипина использует суффикс -ин, что указывает на принадлежность к роду: «чей сын?» — Шкипин. Такая модель типична для фамилий, образованных от существительных мужского рода на -а или -я (ср. Пушкин, Молчалин). То есть основа — Шкипа, а фамилия в мужском роде звучала бы как Шкипин, женская форма — Шкипина. Это указывает на то, что предком был человек с прозвищем Шкипа.

Географически фамилия редкая. Основной ареал — северные и северо-западные регионы России, особенно Архангельская и Вологодская области, где диалектное слово «шкипа» было в ходу. Встречается также на Урале, куда переселенцы с Русского Севера приносили свои говоры и прозвища. В центральных и южных областях фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её локальное северное происхождение.

Спорных версий немного. Иногда Шкипину пытаются связать с украинским «шкіпа» (стружка) или белорусским «шчыпа» (щепка), но это те же корни, что и в русских говорах. Другая гипотеза — происхождение от тюркского «шипа» (колючка, шип), но она слаба, так как суффикс -ин и северный ареал указывают на славянскую основу. Наиболее правдоподобно, что предок носителя фамилии был либо худощавым человеком, либо мастером по щепанию лучины или обработке дерева.