Фамилия Шкипин — одна из тех, где ясна словообразовательная модель, но неочевидна основа. Перед нами типичная «патронимическая» фамилия с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Шкипа → сын Шкипы → Шкипин. Вопрос в том, что скрывается за прозвищем Шкипа.

Самый прямой путь ведёт к диалектному слову «шкипа» или «шкипка». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли щепку, занозу, мелкую деревяшку. Прозвище Шкипа могли дать человеку худому, щуплому, «сухому как щепка». В этом случае фамилия — из разряда «внешностных» прозвищ, которых в крестьянской среде было множество. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «шкипать» (от «щипать», «отдирать»), тогда прозвище могло относиться к человеку с дурной привычкой или к тому, кто занимался щипанием коры, лыка.

Встречается и другая версия, более редкая: от искажённого «шкипер» (капитан или помощник на судне). Но для фамилии с суффиксом -ин это звучит натянуто — от «шкипер» ожидалась бы форма Шкиперов или Шкипиров. Происхождение от «шкипа» как щепки выглядит убедительнее и органичнее для русской ономастики.

Географически фамилия Шкипин встречается в основном на Русском Севере, в Архангельской и Вологодской областях, а также в Сибири — в зонах переселения северян. Это подтверждает связь с северными говорами, где слово «шкипа» было в ходу. Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными или черносошными крестьянами, а не дворянами: в родословных книгах Шкипины не значатся.

По структуре фамилия простая: корень шкип-, суффикс -ин, ударение на первый слог. Однокоренные фамилии — Шкипёв, Шкипов — встречаются реже и могли образоваться уже по другой модели. Так что, если вы Шкипин, ваш предок, всего вероятнее, был невысоким и худощавым мужиком, которого за глаза дразнили Щепкой.