Фамилия Шкирникова — женская форма от мужской Шкирников, и её основа не так прозрачна, как кажется на первый взгляд. В ней сразу слышится что-то ремесленное, связанное с выделкой или обработкой, но точное значение зависит от того, какой именно корень лёг в её основу.

Самый прямой путь — от слова «шкырник» или «шкирник». В южнорусских и украинских говорах «шкыра» (или «шкира») означала шкуру, кожу, особенно снятую с убитого животного. Соответственно, шкирник — это кожевник, скорняк, человек, который занимался выделкой шкур. Фамилия образована по стандартной модели: ремесло → прозвище мастера → фамилия с суффиксом -ов. Шкирников — буквально «сын шкирника», то есть потомок кожевника.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «шкыра» — это не только шкура, но и скупец, жадный человек, или, наоборот, оборванец, бедняк. Прозвище Шкирник могли дать не по профессии, а по характеру или внешнему виду — например, за худобу («кожа да кости») или за прижимистость. Эта версия менее вероятна, потому что прозвища по ремеслу в русской ономастике встречаются гораздо чаще, чем прозвища-характеристики с таким редким корнем.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. В документах XVII–XVIII веков встречаются казаки и крестьяне с фамилией Шкирник (без суффикса) в землях Войска Донского и Слобожанщине. Суффикс -ов закрепил фамилию в централизованном варианте, когда в XIX веке крестьян массово записывали по отцу.

Редкость фамилии объясняется узкой профессиональной нишей: кожевенное дело было распространено, но прозвище «Шкирник» не стало массовым, в отличие от «Кожевников» или «Скорняков». Шкирникова — фамилия, которая прямо указывает на конкретного предка-ремесленника, работавшего с сырой кожей, и сохранила в себе южнорусский диалектный оттенок, не стёртый временем.