Фамилия Шкомердяка — яркий пример того, как редкое прозвище может закрепиться в качестве родового имени, причём сразу в «украинизированной» грамматической форме. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, эта фамилия оканчивается на -яка, что характерно для украинской и южнорусской ономастики. Такие фамилии часто образовывались от прозвищ с экспрессивными, часто ироничными или уничижительными суффиксами.

Основа фамилии — «шкомерд». Слово это не встречается в современных словарях, но его можно разложить на части. Первая часть — «шко-» может восходить к диалектному «шкода» (вред, убыток) или к глаголу «шкодить» (проказничать, портить). Вторая часть — «-мерд» — более прозрачна. В древнерусском языке «мерд» (или «смерд») означало свободного крестьянина-общинника, а позже приобрело пренебрежительный оттенок («простой мужик», «чернь»). Таким образом, «шкомерд» могло быть сложным прозвищем, означающим что-то вроде «вредный мужик» или «пакостный смерд». Скорее всего, так дразнили человека с неспокойным, вздорным характером или того, кто постоянно доставлял хлопоты соседям.

Суффикс -яка в украинском языке усиливает пренебрежительное или фамильярное звучание (сравните: «дiвка» — «дiвчака», «хлопець» — «хлоп'яка»). Поэтому Шкомердяка — это не сын Шкомерда, а сам носитель прозвища, названный так за свои качества. Фамилия застыла в форме именительного падежа единственного числа, что нетипично для великорусских фамилий, но нормально для украинских (сравните: Голова, Непийвода, Шкрябака).

Географически фамилия тяготеет к западно- и южнорусским землям, а также к Украине. Встречается она крайне редко — в основном в единичных записях по Белгородской, Курской областям и прилегающим районам Украины. Социально фамилия однозначно указывает на крестьянское происхождение: прозвища такого типа давали в сельской среде, и в дворянские роды они не попадали.

Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилии Шкода, Шкодник, Смердов, Мердяев. Шкомердяка стоит особняком — это не просто производное, а сложное прозвище-характеристика, которое сохранило в себе и насмешку, и социальный оттенок.