Фамилия Шкомова — женская форма фамилии Шкомов, и её разумнее разбирать через мужской вариант. Сразу бросается в глаза необычная основа: «шком-». В русском языке нет распространённого корня с таким звучанием, но есть диалектное слово «шкома» или «шкомить». В говорах северных и сибирских областей «шкомить» означало «скулить, ныть, жаловаться», а «шкома» — «плакса, нытик». Прозвище Шком могли дать человеку капризному, вечно недовольному или тому, кто часто хныкал. Слово это звукоподражательное, близкое к «скомить» и «скомлеть» — тем же глаголам со значением жалобного скулёжа.

Модель образования простейшая: от прозвища Шком через суффикс -ов. Шкомов — буквально «сын или потомок Шкома». Суффикс -ов в русских фамилиях самый массовый, и здесь он работает стандартно. Никакой географической или сословной привязки суффикс не даёт: такую фамилию мог получить и крестьянин, и посадский человек.

Географически фамилия редкая. Встречается она преимущественно на северо-востоке европейской части России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. Именно там диалектная лексика лучше сохраняла архаичные слова вроде «шкома». В центральных и южных регионах фамилия почти не фиксируется, что косвенно подтверждает её северное происхождение.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа могла возникнуть из искажённого «школа» или «школьник» — в некоторых говорах «школа» произносили как «шкома», с выпадением «л». Тогда Шкомов — это «сын школьного работника» или «сын того, кто учился». Но эта гипотеза слабее, потому что слово «школа» входило в язык позже и через книжную традицию, а диалектное «шкома» в значении «плакса» древнее и органичнее для прозвищ.

В написании фамилия устойчива: Шкомов, Шкомова — без вариантов через «а» или «я». Ударение, судя по живой речи носителей, падает на второй слог: Шко́мов. Это тоже говорит о диалектном, а не книжном происхождении — книжные фамилии чаще сохраняли ударение на суффиксе.

Таким образом, Шкомовы — потомки человека, которого в северной деревне прозвали за характер: плаксивого, нудного или вечно жалующегося. Со временем прозвище перестало быть обидным и превратилось в фамилию, а сегодня оно — редкий след живой русской диалектной речи.