Фамилия Шкоркина — женская форма фамилии Шкоркин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Шкорка. В основе лежит, скорее всего, слово «шкурка», но в диалектном произношении, где «у» перешло в «о» (такое явление, как оканье, характерно для северных и центральных говоров). Таким образом, «шкорка» — это «шкурка», то есть маленькая шкура, мех или, в переносном смысле, прозвище человека, связанного с выделкой кож или мехов. В старину кожевников и скорняков нередко называли по их ремеслу: Шкура, Шкурка, Шкурко. Фамилии Шкоркин, Шкоркина — это, по сути, тот же ряд, что и Шкуркин, но с характерным северным или рязанским «оканьем».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «шкоркать» или «шкоркаться» (чесать, скрести, драть). В таком случае прозвище Шкорка мог получить ершистый, драчливый человек или же тот, кто постоянно «чесался», то есть был беспокойным. Однако первая версия — ремесленная — кажется более естественной для русской ономастики, где фамилии от названий профессий — одни из самых распространённых.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шкоркин — «сын Шкорки» или «человек из семьи Шкорки». Это типичная модель для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Встречается фамилия преимущественно в регионах, где исторически было развито кожевенное дело и скорняжный промысел, а также сохранялось окающее произношение: это Вологодская, Архангельская, Костромская, Нижегородская области, а также Вятка и Урал. Встречаются редкие варианты написания — Шкоркин с двойной «к» (Шкорркин), но они, как правило, результат ошибок в документах.

Интересно, что фамилия Шкоркина не попала в число массовых «дворянских» фамилий. Её носители, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей — ремесленников, которые жили в городах или сёлах и занимались выделкой шкур. В XIX веке такие фамилии часто фиксировались у государственных крестьян северных губерний. Никаких знаменитых исторических личностей с этой фамилией не известно, что говорит о её «народном», бытовом происхождении.