Фамилия Шкоркин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени через суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду: Шкорка — предок, Шкоркин — «сын Шкорки» или «человек из семьи Шкорки». Основа здесь — слово «шкорка». В русских говорах «шкорка» — это уменьшительно-пренебрежительное от «шкура» (кожа, шкурка). Прозвище Шкорка могли дать человеку с грубой или смуглой кожей, либо кожевнику, скорняку, тому, кто обрабатывал шкуры. Вторая версия, менее очевидная, связывает «шкорку» с диалектным глаголом «шкоркать» — скрести, царапать, чистить. В этом случае прозвище могло закрепиться за чистоплотным или, напротив, суетливым человеком, либо за тем, кто занимался чисткой чего-либо (рыбы, посуды, кож). Третья, более редкая гипотеза: «шкорка» — искажённое «шкварка» (вытопленный кусочек сала), но это фонетически менее вероятно.

Географически фамилия Шкоркин тяготеет к центральным и южнорусским областям, особенно к регионам, где было развито скорняжное дело и кожевенное ремесло — Тульская, Рязанская, Воронежская губернии. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли прозвище вместе с промыслом. Среди однокоренных фамилий — Шкурин, Шкуркин, Шкорутин, но Шкоркин отличается именно редукцией гласного: «шкура» превратилась в «шкорку» под влиянием акающих говоров, где «о» читается как «а» (шкорка — шкурка). То есть фамилия сохранила на письме древнее диалектное произношение, что делает её ценным лингвистическим свидетельством.

Сословного барьера у Шкоркиных не было: прозвище могло закрепиться и за крестьянином, и за посадским ремесленником. В документах XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания «Шкорки» как личного имени-прозвища, но массово фамилия оформилась уже после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным давали фамилии по прозвищам отцов. Таким образом, предок носителя фамилии Шкоркин с высокой вероятностью был либо человеком с приметной кожей, либо мастером по выделке шкур — ремесленником, без которого в деревне не обходились.