Фамилия Шкоткина — женская форма фамилии Шкоткин, и её разбор стоит начать с неочевидного корня. В большинстве случаев фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, но здесь основа — «шкотк-», а не «шкот-». Это указывает на то, что прозвище или имя предка звучало как Шкотка, а не Шкот. Модель простая: суффикс -ин присоединялся к основе на -а, давая значение «чей?» — сын или потомок Шкотки.

Само слово «шкотка» в русских говорах — не общеупотребительное. В диалектах северных и центральных областей «шкот» или «шкота» означало ущерб, убыток, порчу, а также скупость или вредность. Шкоткой могли назвать скупого человека, мелочного, который «шкодит» — то есть причиняет мелкий вред или убыток. В некоторых регионах «шкоткой» называли и сорную траву, что могло стать прозвищем нерадивого или неаккуратного хозяина. Однако есть и другая версия: «шкот» — это заимствование из голландского «schoot» (шкот, морской термин, снасть для управления парусом). В этом случае Шкотка — прозвище матроса или корабельного мастера, который работал со шкотами. Но морская версия менее вероятна для фамилии, распространённой вдали от морей.

Географически фамилия Шкоткин встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, с отдельными гнёздами в Вологодской и Костромской областях. Это как раз зона бытования диалектного «шкот» в значении «убыток». Сравните с однокоренными фамилиями Шкотов, Шкотников, Шкодников — все они восходят к одному смысловому гнезду, связанному с порчей, вредом или скупостью. Учитывая, что в ономастике прозвища по характеру или поведению давались чаще, чем по редким профессиям, версия с «убытком» или «скупостью» выглядит убедительнее.

Сословная принадлежность носителей фамилии не закреплена в источниках: Шкоткины встречались и среди крестьян, и среди мещан. Важно, что фамилия не получила дворянского герба и не фиксируется в родословных книгах — это типичная «низовая» фамилия, образованная от бытового прозвища. Для человека, ищущего свои корни, это означает, что предок, скорее всего, был простым человеком, которого в деревне или посаде прозвали за характер или поведение, а не за ремесло.