Фамилия Шкоткин — редкий случай, где прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с профессией или орудием труда, а не с личным именем. В центре — слово «шкот», которое в русском языке имеет два значения: морской термин (снасть для управления парусом) и диалектное название шеста, жерди. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Шкотов, образованный с помощью патронимического суффикса -ин, который в северных и центральных говорах нередко заменял более распространённое -ов. Шкоткин — буквально «сын Шкотки», где Шкотка — уменьшительно-пренебрежительная форма прозвища Шкот.

Морская версия выглядит правдоподобно: шкот — это трос, которым управляют нижним углом паруса. Прозвище Шкот могли дать матросу, работавшему с этой снастью, или, в переносном смысле, человеку с цепкой, «тянущей» хваткой. Однако для крестьянской среды, где фамилии складывались в основном в XVII–XIX веках, более естественно второе значение — «шкот» как шест, кол. В рязанских, тамбовских, воронежских говорах «шкот» или «шкотина» означала жердь, рычаг, которым ворочают тяжёлые предметы. Прозвище Шкотка могли дать долговязому, худому человеку (по ассоциации с длинным шестом) или, наоборот, силачу, который управлялся с тяжёлой работой.

Суффикс -к- в основе (Шкот-к-а) типичен для обиходных, «домашних» прозвищ, которые потом переходили в фамилии. Шкоткин — фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Встречается она редко: по переписям, основные очаги — Пензенская и Саратовская области, что косвенно подтверждает связь с южнорусским диалектным словом «шкот». В отличие от фамилий Шкотов или Шкотин, которые могли возникнуть в разных регионах независимо, Шкоткин — форма более локальная, указывающая на конкретное прозвище внутри семьи.