Фамилия Шкрептиенко — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной трактовке с первого взгляда. Суффикс -енко (украинский вариант, означающий «маленький» или «сын») сразу указывает на украинское происхождение, типичное для центральных и левобережных областей. Вопрос упирается в корень «шкрепт».

Наиболее вероятная версия связывает Шкрепт с диалектным глаголом или прозвищем, производным от «скрести» или «скрипеть». В украинских говорах встречается слово «шкребти» (скрести, царапать) и его фонетические варианты с добавлением «п» — «шкрептати». Человек мог получить прозвище Шкрепть (или Шкрепта) за манеру говорить скрипучим голосом, за привычку шаркать ногами при ходьбе или за профессию, связанную с выскабливанием (например, кожевник, обрабатывающий шкуры скребком). Фамилия Шкрептиенко буквально значит «сын Шкрептя» (или «потомок того, кого прозвали Шкрептем»).

Существует и менее очевидная версия, связанная с заимствованиями. В польском языке есть слово «skrypt» (запись, рукопись), а в немецких диалектах — «Schrift» (письмо). В этом случае Шкрепт могло быть прозвищем писаря или грамотея, но из-за сильного искажения звука эта гипотеза слабее: для украинской фонетики превращение «скрипт» в «шкрепт» неестественно, а вот «шкребти» в «шкрепти» — вполне объяснимо (по аналогии с «гребти» — «гребти»).

Географически фамилия Шкрептиенко почти не встречается в современных базах данных, что говорит о её крайней редкости и, возможно, угасании. Если предки и были записаны, то, скорее всего, в Черниговской, Полтавской или Киевской губерниях — в зоне распространения фамилий на -енко. Социальный состав носителей таких фамилий обычно был крестьянским или казачьим, без дворянского статуса.

Таким образом, перед нами типичная украинская патронимическая фамилия, образованная от прозвища, которое, скорее всего, описывало звук или действие — скрип, царапанье, скобление. Точное значение утрачено вместе с диалектом, но связь с «шкребти» остаётся самым логичным объяснением.