Фамилия Шкрупская — редкий случай в русской ономастике, где основа неочевидна, а суффикс -ск- указывает на географическое происхождение. Это типичная «топонимическая» фамилия, то есть образованная от названия места, где жил или откуда происходил первый носитель. В отличие от патронимических фамилий на -ов/-ев или -ин, которые отвечали на вопрос «чей сын», фамилии на -ский/-цкий чаще всего означали «выходец из такого-то села или имения».

Основа «Шкруп-» не имеет прямого аналога в современном русском языке, но легко объясняется через белорусские и западнорусские говоры. Скорее всего, в основе лежит слово «шкруп» — диалектное название инструмента для скобления (шкрябанья), родственное глаголам «шкрябать», «шкребти» (царапать, скрести). В таком случае прозвище Шкруп мог получить либо человек с соответствующей профессией — например, кожевник или бондарь, работавший скобелем, — либо тот, кого прозвали за манеру речи или характер (скрипучий голос, въедливость). Встречается и другая версия: от польского «skrup» — «скупой», но для фамилии с восточнославянским суффиксом -ск- это менее вероятно.

Географически фамилия Шкрупская тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — современной Беларуси и Смоленщине. Там же встречаются топонимы: деревня Шкрупы в Брестской области и урочище Шкрупово в Гродненской. Именно от названия такого небольшого поселения или хутора и пошла фамилия: помещик или крестьянин, переселившийся в другое место, получал прозвание «Шкрупский» (потом — «Шкрупская» для женщин). В дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется — скорее всего, она принадлежала мещанскому или крестьянскому сословию.

В написании фамилии встречается вариант с одной «с» — Шкрупская, что для форм на -ский нормально (сравните: Смоленский — Смоленская). Ударение, судя по типовой модели, падает на второй слог: Шкру́пская. В современной России фамилия крайне редкая, её носители сосредоточены в основном в Брянской и Псковской областях, а также в Минске.