Фамилия Шкубелева — редкий случай, когда основа, скорее всего, не имеет славянских корней, а восходит к тюркскому или балканскому прозвищу. Это женская форма фамилии Шкубелев, образованная по стандартной модели через суффикс -ев (указывающий на принадлежность: «чей?» — Шкубелев). Сама же основа «шкубел» почти не встречается в русских говорах, что сразу наводит на мысль о заимствовании.

Наиболее вероятная версия связывает прозвище Шкубель с южнославянским или тюркским словом, обозначавшим «шкуру» или «кожу». В болгарском и македонском языках «шкубе» означает «шкура», «кожа» (ср. также «шкубец» — мех, шкурка). Прозвище Шкубель могли дать кожевнику, скорняку или человеку, который торговал мехами. В этом случае фамилия — профессиональная, и предок носительницы фамилии занимался выделкой кож или пошивом кожаных изделий.

Менее распространённая, но допустимая версия — от тюркского мужского имени Шкубел, которое могло быть вариантом имени Шукри (араб. «благодарный») с местными адаптациями. В таком случае фамилия — патронимическая, то есть указывает на отца по имени Шкубел. Однако эта гипотеза слабее, так как имя Шкубел не зафиксировано в популярных ономастических словарях как распространённое.

Географически фамилия Шкубелева тяготеет к югу России — к регионам, где исторически было сильное влияние тюркских народов и балканских переселенцев (например, кубанские и донские земли, а также Ставрополье). Встречается она нечасто, что делает её характерной для определённого локального рода. Учитывая редкость, можно предположить, что все носители фамилии — потомки одного человека, получившего прозвище Шкубель за ремесло или внешность, связанную с кожей.