Фамилия Шкульський встречается редко, и её написание сразу указывает на польское или западноукраинское происхождение. Суффикс -ськ-/-ск- характерен для фамилий, образованных от географических названий: так называли человека по месту, откуда он родом или где владел землёй. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шкульський.

Корень шкуль- неочевиден для русского уха. Самая вероятная версия связывает его с польским словом szkul — так в некоторых говорах называли мелкую рыбёшку, малька, или же давали прозвище невысокому, щуплому человеку. В польской ономастике известна фамилия Szkulski, и Шкульський — это её фонетический вариант, адаптированный под украинскую или белорусскую письменную традицию (передача sz как ш, а не сш). Менее вероятная, но не исключённая гипотеза — происхождение от немецкого Schulze (сельский староста) через посредничество польских земель, где фамилия могла звучать как Szulc, а затем видоизмениться. Однако для формы Шкульський первая версия (от прозвища «малёк») выглядит более прямой.

Носители фамилии Шкульський исторически концентрировались в Подолии, на Волыни и в Галиции — регионах, где польское и украинское население веками жило рядом. В Российской империи после разделов Речи Посполитой такую фамилию могли получить как шляхтичи, так и крестьяне, приписавшиеся к определённому селу. В советское время написание часто русифицировали: меняли -ський на -ский, поэтому в современных российских и украинских архивах можно встретить оба варианта — Шкульский и Шкульський. Фамилия остаётся малочисленной, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл на западе Украины.