Фамилия Шкуря — редкий пример, где суффикс не указывает на национальность или сословие, а основа прозрачна, но неоднозначна. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, эта форма застыла в кратком прилагательном или прозвище: Шкуря — тот, кого так окрестили. Скорее всего, это украинская или южнорусская фамилия, где -я на конце — типичный признак прозвищной основы (сравните: Грызля, Мазепа, Шелудя).

Корень «шкур-» прямо указывает на шкуру — кожу, мех или содранную с животного шкуру. Отсюда два основных варианта происхождения. Первый: прозвище дали человеку, связанному с выделкой кож или торговлей мехами — скорняку, кожевнику. Второй, не менее вероятный: Шкурёй могли обозвать за худобу («кожа да кости») или, наоборот, за толстую, грубую кожу, то есть за внешность. В говорах слово «шкура» имело и переносное значение — жадный, прижимистый человек, так что прозвище могло отражать характер.

География фамилии узкая: Шкуря встречается преимущественно на западе Украины и в приграничных областях России (Брянская, Курская). В центральных и северных регионах она почти отсутствует, что подтверждает её локальное, диалектное происхождение. В польском языке есть похожее «skóra», но фамилия явно славянская, без тюркских или балтских следов.

Спорных версий немного, и они слабы. Иногда Шкуря пытаются связать с литовским «skūra» (шкура) или румынским «şcurt» (короткий), но это натяжки: фамилия органично вписывается в восточнославянскую словообразовательную модель. Если ваш предок носил эту фамилию, он почти наверняка был выходцем из западнорусских или украинских земель, а его ремесло или внешность дали повод для прозвища, которое закрепилось за родом.